La Biblioteca del Museo civico, istituita nel 1851, è una biblioteca specialistica gestita e coordinata dalla Biblioteca civica di Rovereto, per la quale è garantita la consultazione su appuntamento. Conserva anche cinquecentine e il nucleo originario è costituito dalle donazioni dei soci fondatori. Ulteriori donazioni sono state effettuate dall'entomologo di fama internazionale Livio Tamanini e dagli eredi di Giovanni de Cobelli, che hanno lasciato in deposito circa 1.000 opere fondamentali per la conoscenza dell’ambiente naturale del Trentino. La Biblioteca ha acquisito parte della corrispondenza di Paolo Orsi. La consistenza attuale del patrimonio annualmente implementato, oltre alla fototeca, è di oltre 30.000 opere e di 1.300 periodici (correnti e non). Fondi di conservazione: F. Zeni, G. de Cobelli, D. Sartori; dal 1540.